Thời Edo (trước năm 1869)

Tokyo ban đầu là một làng chài nhỏ có tên là Edo, trước đây từng là một phần của tỉnh Musashi cũ. Edo lần đầu tiên được phát triển bởi gia tộc Edo, vào cuối thế kỷ thứ mười hai. Năm 1457, Ōta Dōkan xây dựng lâu đài Edo. Tầm quan trọng của Tokyo được nâng lên chủ yếu là do công của hai nhà lãnh đạo lỗi lạc: Tokugawa Ieyasu và. Vào năm 1603, sau khi thống nhất các sứ quân đánh lẫn nhau ở Nhật Bản, Shogun Tokugawa Ieyasu thiết lập Edo (bây giờ là Tokyo) như là căn cứ của ông. Kết quả là, thành phố phát triển nhanh chóng và trở thành một trong những thành phố lớn nhất trên thế giới với dân số trên 1 triệu người vào thế kỉ 18. Nó trở thành kinh đô trên thực tế của đất nước Nhật Bản mặc dù Thiên hoàng vẫn sống ở Kyoto, kinh đô Nhật Bản thời bấy giờ. (Xem Edo). Trong thời gian này, thành phố được hưởng một thời gian dài của hòa bình được gọi là thời kỳ Tokugawa yên bình. Việc không phải hứng chịu sự tàn phá do chiến tranh gây ra cho phép Edo cống hiến phần lớn các nguồn lực của mình để xây dựng lại thành phố sau những vụ cháy, trận động đất và những thảm họa thiên nhiên tàn phá khác. Tuy nhiên, thời gian kéo dài này đã kết thúc với sự xuất hiện của Thiếu tướng Matthew C. Perry vào năm 1853. Thiếu tướng Perry thương lượng việc mở các cảng Shimoda và Hakodate, dẫn đến sự gia tăng nhu cầu hàng hóa nước ngoài mới và sau đó sự gia tăng nghiêm trọng về lạm phát. Bất ổn xã hội gắn liền với sự trỗi dậy của những mức giá cao hơn và lên đến đỉnh điểm trong các cuộc nổi loạn và cuộc biểu tình lan rộng, đặc biệt là dưới hình thức "đập vỡ" của các cơ sở lúa gạo. Trong khi đó, những người ủng hộ Hoàng đế Minh Trị thừa hưởng sự gián đoạn rằng những cuộc biểu tình nổi loạn lan rộng này đã làm tăng thêm sức mạnh bằng cách lật đổ Shogun Tokugawa cuối cùng, Yoshinobu, vào năm 1867. Sau 265 năm, thời kỳ Tokugawa yên bình kết thúc.

Từ 1869-1943

Sau 263 năm, chế độ Mạc phủ bị lật đổ và Minh Trị Thiên hoàng (Meiji) phục hồi Đế quyền. Vào năm 1869, Minh Trị Thiên Hoàng vừa 17 tuổi dời đô từ Kyoto về Edo, và theo đó, thành phố được đặt tên lại là "Tokyo" (Đông Kinh). Tokyo trước đây vốn dĩ đã là trung tâm chính trị, kinh tế và văn hóa của Nhật Bản[11], bên cạnh đó, với việc là nơi ở của nhà vua, Tokyo đã trở thành kinh đô trên thực tế của đất nước, thành Edo trước đây trở thành Hoàng cung. Thành phố Tokyo được chính thức thành lập vào ngày 1 tháng 5 năm 1889 và tiếp tục là thủ đô cho đến khi nó trở thành một quận vào năm 1943 và sáp nhập vào "Khu đô thị mở rộng" của Tokyo.

Tokyo, cũng như Osaka, đã được thiết kế từ thập niên 1900 như là thành phố đường sắt, nghĩa là thành phố xây xung quanh các nhà ga xe lửa lớn với một mật độ dân số cao, do đó các đường sắt nội thành có thể được xây với giá khá rẻ ở độ cao của mặt đường. Điều này khác với các thành phố trên thế giới khác như Los Angeles với mật độ dân thấp chủ yếu là cho xe hơi chạy, và mặc dù các đường cao tốc đã được xây dựng, các thiết kế cơ bản vẫn không thay đổi cho đến ngày hôm nay.

Tokyo đã trải qua hai tai họa lớn và hồi phục một cách đáng kể từ hai sự kiện đó. Một là trận động đất lớn Kanto vào năm 1923[12], và tai họa kia là cuộc Chiến tranh thế giới lần thứ hai (1939 - 1945). Những oanh tạc năm 1945 cũng hủy diệt không kém hai quả bom nguyên tử ở Hiroshima và Nagasaki cộng lại. Nhiều khu vực trong thành phố bị san phẳng.

1943-nay

Năm 1943, thành phố Tokyo sáp nhập với quận Tokyo để tạo thành "Tỉnh thủ đô" của Tokyo. Kể từ đó, Chính quyền thành phố Tokyo đóng vai trò là chính quyền tỉnh cho Tokyo, cũng như quản lý các phường đặc biệt của Tokyo, cho những gì trước đây là Thành phố Tokyo. Chiến tranh thế giới thứ hai đã phá hủy toàn bộ thành phố do các cuộc không kích của quân Đồng minh vào Nhật Bản và sử dụng bom gây cháy. Vụ đánh bom Tokyo năm 1944 và 1945 được ước tính đã giết chết từ 75.000 đến 200.000 dân thường và khiến hơn một nửa thành phố bị phá hủy. Đêm tàn khốc nhất của cuộc chiến diễn ra vào ngày 9 tháng 10 năm 1945, đêm của cuộc đột kích "Hội nghị Chiến dịch" của Mỹ, khi gần 700.000 quả bom gây cháy nổ ở nửa phía đông của thành phố, chủ yếu ở các phường dân cư đông đúc. Hai phần năm của thành phố đã bị thiêu rụi hoàn toàn, hơn 276.000 tòa nhà bị phá hủy, 100.000 dân thường thiệt mạng và 110.000 người khác bị thương. Từ năm 1940 đến năm 1945, dân số của thành phố thủ đô của Nhật Bản đã giảm từ 6.700.000 xuống dưới 2.800.000, với phần lớn những người mất nhà sống trong "những túp lều xiêu vẹo, tạm bợ".

Sau chiến tranh, Tokyo được xây dựng lại hoàn toàn, và được trưng bày cho thế giới xem trong Thế vận hội 1964 tổ chức tại thành phố này. Tokyo trở thành thành phố lớn nhất trên thế giới vào năm 1965 (vượt qua khỏi New York). Thập niên 1970 đem lại những phát triển về chiều cao như Sunshine 60, một sân bay mới và gây tranh cãi (Sân bay quốc tế Narita) tại Narita (rất xa bên ngoài Tokyo), và một hệ thống dân số tăng lên khoảng 11 triệu người (trong khu vực metropolitan).

Hệ thống tàu điện ngầm của Tokyo và các đường xe lửa đi lại trong thành phố trở thành bận rộn nhất trên thế giới bởi vì càng nhiều người di chuyển đến khu vực này. Vào thập niên 1980, giá địa ốc tăng vọt trong nền kinh tế bong bóng: nhiều người giàu lên nhanh chóng, nhưng bong bóng vỡ đầu thập niên 1990 và nhiều công ty, ngân hàng, và cá nhân bị vướng phải giá địa ốc suy giảm về giá trị. Sự suy thoái kinh tế theo sau đó, làm thập niên 1990 thành "thập niên bị mất" của Nhật, mà bây giờ nó đang hồi phục chậm chạp.

Tokyo vẫn chứng kiến các phát triển đô thị mới trên những vùng đất ít sinh lợi hơn. Những công trình gần đây bao gồm Ebisu Garden Place, Tennozu Isle, Shiodome, Roppongi Hills, Shinagawa (bây giờ cũng là nhà ga Shinkansen), và nhà ga Tokyo (phía Marunouchi). Các tòa nhà quan trọng đã bị phá bỏ để dành chỗ cho những khu siêu thị hiện đại hơn như dãy đồi Omotesando. Các dự án đắp thêm đất ở Tokyo cũng đã diễn ra trong nhiều thế kỉ. Nổi bật nhất là khu vực Odaiba, bây giờ là một trung tâm mua bán và giải trí.

Tokyo bị tàn phá bởi các trận động đất mạnh vào năm 1703, 1782, 1812, 1855 và đại thảm họa động đất 1923. Trận 1923, với ước tính cường độ vào khoảng 8.3, giết hại 142.000 người.

Các dự án cải tạo đất ở Tokyo cũng đã diễn ra trong nhiều thế kỷ. Nổi bật nhất là khu vực Odaiba, hiện là trung tâm mua sắm và giải trí lớn. Cũng có nhiều dự án khác nhau được đề nghị để di chuyển các cơ quan chức năng của nhà nước từ Tokyo đến một thủ đô thứ hai ở một vùng khác của Nhật Bản, để làm giảm đi sự phát triển nhanh chóng ở Tokyo và vực dậy những vùng chậm phát triển về mặt kinh tế. Những dự án này còn nhiều tranh cãi trong Nhật Bản và chưa được thực hiện.

Thảm họa động đất và sóng thần năm 2011 tàn phá phần lớn bờ biển đông bắc của Honshu đã có thể cảm nhận được ở Tokyo. Tuy nhiên, do cơ sở hạ tầng kháng động đất của Tokyo rất tốt, thiệt hại ở Tokyo là rất nhỏ so với các khu vực trực tiếp bị ảnh hưởng bởi sóng thần[13] mặc dù hoạt động trong thành phố phần lớn đã bị dừng lại.[14] Cuộc khủng hoảng hạt nhân gây ra bởi những cơn sóng thần cũng không khiến Tokyo bị thiệt hại gì đáng kể, bất chấp sự gia tăng đột ngột về mức độ bức xạ.[15][16]

Vào ngày 7 tháng 9 năm  2013 Tokyo dã được chọn làm chủ nhà của Olympic 2020. Tokyo sẽ là thành phố châu Á đầu tiên đăng cai Thế vận hội hai lần.[17]

Do sự tiến hóa trong phương pháp chữ Nhật được phiên âm ra Romaji, các văn bản cũ có thể nhắc đến thành phố như là "Tokio".